Zkuste následující dotaz:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
Najde dokument s daným _id a odeberte telefon +1786543589455 z jeho contact.phone pole.
Můžete použít $unset zrušte nastavení hodnoty v poli (nastavte ji na null ), ale ne k jeho úplnému odstranění.