Ve verzi 3.2 je to možné. Nejprve promítněte tak, aby mojePole obsahovalo pouze poslední prvek, a poté porovnejte na myField.
db.collection.aggregate([
{ $project: { id: 1, myField: { $slice: [ "$myField", -1 ] } } },
{ $match: { myField: "myValue" } }
]);