JavaScript rozlišuje velká a malá písmena v názvech proměnných. Máte User model a User výsledek se stejným názvem.
Váš kód bude fungovat s následující změnou:
User.findById(id , function (err, user) {
/* ^ use small `u` */
if (err) return handleError(err)
/* rest of your code */
Také mějte na paměti, že dále v kódu deklarujete další proměnnou s názvem user . Budete to muset změnit na něco jiného.