Pokud nejste omezeni na to, aby byl dotaz v jediném kroku, můžete zkusit:
krok 1) použijte agregační funkci s operátory $unwind a $group k nalezení minimální položky pro každý dokument
myresults = db.megas.aggregate( [ { "$unwind": "$items" },
{"$group": { '_id':'$_id' , 'minitem': {'$min': "$items.item" } } } ] )
krok 2) projděte výsledky a $vytáhněte prvek z pole
for result in myresults['result']:
db.megas.update( { '_id': result['_id'] },
{ '$pull': { 'items': { 'item': result['minitem'] } } } )