Myslím, že na tom až tak moc nezáleží.
Jsem si docela jistý, že formát ObjectId kóduje hexadecimální číslo, takže je pravděpodobně o něco efektivnější s pamětí a šířkou pásma. Udělal jsem to oběma způsoby. Dokud se u každého pole rozhodnete, jak jej zakódujete, bude obojí fungovat dobře.