Abyste se této chybě vyhnuli, měli byste použít $skip a $limit. proč dostáváte tuto chybu? musíte si přečíst odkaz na komentář @Alex.
db.products.aggregate([
{$skip:0},{$limit: 1000},
{$lookup:{from:"productgroups", localField:"productgroupid", foreignField:"productgroupid", as:"group"}},
{$lookup:{from:"category", localField:"categoryid", foreignField:"categoryid", as:"category"}},
{$lookup:{from:"divisions", localField:"divisionid", foreignField:"divisionid", as:"division"}},
{$project: {productpoint:1,productname:1,productcode:1,productid:1,group: { $arrayElemAt: [ "$group", 0 ]},
category: { $arrayElemAt: [ "$category", 0 ]}, division: { $arrayElemAt: [ "$division", 0 ]} }}
]);
{$skip:0},{$limit: 1000}
// pro počáteční a potom pro příště by mělo přeskočit:1000, limit:1000 a tak dále. můžete jej získat z požadavku nebo pomocí smyčky nebo podle implementace.