Soubory .0, .1 jsou datové soubory. Každý datový soubor je předem přidělen k určité velikosti. (To se děje mimo jiné proto, aby se zabránilo fragmentaci systému souborů.) První název souboru pro databázi je .0, potom .1 atd. .0 bude mít 64 MB, .1 128 MB atd., až 2 GB. Jakmile soubory dosáhnou velikosti 2 GB, každý následující soubor má také 2 GB. Informace o datových souborech naleznete zde:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
Soubory ".ns" jsou soubory jmenného prostoru. Každá kolekce a index by se počítaly jako jmenný prostor. Každý jmenný prostor má 628 bajtů, soubor .ns má standardně 16 MB.
Pokud by tedy každá kolekce měla jeden index, můžeme vytvořit až 12 000 kolekcí. Parametr --nssize umožňuje zvýšit tento limit.
Maximální velikost souboru .ns je 2 GB.