MongoDB - Rozviňte pole pomocí agregace a odstraňte duplikáty

můžete k tomu použít $addToSet:

db.users.aggregate([
  { $unwind: '$data' },
  { $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);

Je těžké vám dát konkrétnější odpověď, aniž byste viděli svůj skutečný dotaz.