Druhý parametr populate
je řetězec pro výběr pole, takže to můžete udělat takto:
Author
.findOne({personcode: code})
.select('-_id -__v')
.populate('bookids', '-_id -__v')
.exec(function (err, data) {
//foo
});
Všimněte si, že byste měli zkombinovat výběr polí do jednoho řetězce.