Pozdní reakce na výše uvedenou otázku...
Měl jsem podobný problém po přesunutí db na ebs na ec2.
Ukázalo se, že pouhé spuštění mongodu stále směruje cestu dbpath do /data/db/ (které existuje).
Soubor /etc/mongodb.conf je zcela ignorováno, pokud není výslovně určeno.
To se mi daří obejít pomocí direktivy --config nebo jen --dbpath (oba pracují) Ale zajímalo mě, odkud mongod bere výchozí hodnoty...?!
Nepodařilo se mi nikde najít a přepsat tato výchozí nastavení. Někdo ?
Poznámka:Toto chování mongoda mě opravdu štve...Je to jen špatný design a špatná dokumentace.