Možnost 'notablescan', jak zmínil @ghik, vám zabrání spouštět dotazy, které jsou pomalé kvůli nepoužívání indexu. Tato možnost je však pro server globální a není vhodná pro použití v produkčním prostředí. Kromě skenování tabulek vás také nechrání před žádným jiným zdrojem pomalých dotazů.
Bohužel si nemyslím, že právě teď existuje způsob, jak přímo dělat to, co chcete. Existuje lístek JIRA, který navrhuje přidání parametru dotazu $maxTime nebo $maxScan, což zní, že by vám to pomohlo, takže pro něj hlasujte:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .