Toto je docela specifická otázka, ale pokud někdo náhodou narazí na podobný problém, můj problém byl v tom, že jsem napsal soubor se všemi svými dokumenty jako json pro použití mongoimport na vzdáleném serveru.
Problém byl v tom, že JSON.stringify() převede objectId na řetězec. Abych to napravil, napsal jsem jen malý skript, který projde všechny objekty v poli uživatelů a převede všechna _id zpět na objectId pomocí následujícího příkazu:
var mongoose = require('mongoose');
user._id = mongoose.Types.ObjectId(users[i]._id);
Poté volání Model.create() na mém modelu mongoose s aktualizovanými dokumenty k hromadnému vložení a odstranění původních dokumentů