Mějte na paměti, že mongodb může použít pouze jeden index na dotaz (nebude spojovat indexy dohromady, aby byl dotaz na dvě pole, která mají samostatné indexy rychlejší).
To znamená, že pokud se chcete pokusit zkontrolovat jedinečnost, můžete před vložením provést dotaz z aplikace (což problém řeší pouze částečně, protože mezi dotazem a vložením je mezera).
Možná budete chtít hlasovat o tomto problému JIRA pro filtrované indexy, což pravděpodobně pomůže vašemu případu použití: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785