porovnat dvě pole stejného dokumentu

Můžete použít $expr který umožňuje použití agregačních výrazů v rámci dotazovacího jazyka.

db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })

nebo s agregací

db.collection.aggregate([
  { "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])