Chvíli jsem přemýšlel o použití těchto dvou společně, protože moje data jsou již v mongodb. Ale nechci přidávat další DB vrchol stávající architektury, protože přidání neo4j bude vyžadovat více zdrojů, např. paměti, diskového prostoru a nemluvě o čase investovaném do údržby 2 DB.
Další problém, který mě napadá, je, že když svá data skartujete pomocí mongodb, budete také muset spravovat svá data neo4j w.r.t. tyto nové úlomky. Škálování v neo4j se provádí prostřednictvím clusterů a je součástí podnikové edice, která je komerční.
Provedl jsem další průzkum a zjistil jsem, že OrientDB může ukládat data jako dokumenty a jejich graf db.
Dalším způsobem je budování vztahů v samotném MongoDB a napsání vaší logiky nad tím a odhalení této logiky prostřednictvím REST API.