Od verze 3.2 MongoDB nemá vestavěný cronjob systém (s výjimkou úloh automatického mazání indexu TTL, ale ty vám tento problém nepomohou vyřešit).
To znamená, že ke spuštění mongo shellu s vaším dotazem jako parametrem budete muset použít externí nástroj. K tomu je k dispozici nespočet nástrojů, některé jsou integrovány do všech běžných operačních systémů ihned po vybalení a některé ve formě nástrojů třetích stran. Existuje příliš mnoho možností, než je všechny uvést, a která z nich je nejlepší, závisí na vaší IT infrastruktuře a na tom, co preferují vaši správci systému.