Mangusta, vytáhněte z vedlejšího dokumentu

Zdá se, že MongooseArray#pull metoda funguje pouze v případě, že vaše prvky mají _id vlastnosti.

Připadá mi jednodušší používat přímá volání k update abyste se vyhnuli takovým překvapením:

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);