Názvy databází nejsou stejné, jen jedna obsahuje netisknutelný znak, který za vás rozhraní javascriptu mongo shellu potlačuje.
V mongo je na ovladači, aby se ujistil, že uživatel nemůže odeslat nestandardní data na server, ale bylo to prokázáno že BSON je pozoruhodně flexibilní v tom, co dokáže uložit.
Protože mluvíte o celé databázi, nejjednodušší způsob, jak tento problém vyřešit, by bylo vypnout mongo a odstranit soubory databáze. Kde jsou tyto soubory, můžete zjistit pomocí db.serverCmdLineOpts() příkaz.