Měl jsem úplně stejný problém. Otevíral jsem soubor CSV v aplikaci Excel, abych jej rozmasíroval a znovu uložil. Při pokusu o import do Mongo pomocí příkazu "mongoimport" jsem dostal stejnou chybovou zprávu, že jsem měl stejné hodnoty. Zkontroloval jsem záhlaví sloupců znovu a znovu, abych se ujistil, že tam nejsou stejné hodnoty.
Nakonec jsem zkusil znovu uložit soubor z Excelu pomocí možnosti „Windows Comma Separated (.csv)“ z rozbalovací nabídky Formát namísto výchozího „Comma Separated Values (.csv)“ v sekci „Common Format“.
Fungovalo perfektně.