MapReduce předá každý dokument v kolekci do funkce mapy kromě pokud mu předáte volbu {query:}, kterou použije k "předfiltrování" dokumentů odeslaných do MapReduce. Můžete také předat možnost {sort:} pro mapReduce a ta odešle dokumenty do mapové funkce seřazené na daných polích.
To jsou jediná dvě místa, kde se použijí indexy – poté se vše odehraje ve vláknu Javascriptu, které je vytvořeno pro práci.