Měl jsem stejný problém s mongo 3.0.0 a 3.1.9 s relativně malou databází (12 GB).
Po ztrátě zhruba 4 hodin času jsem našel řešení pomocí skryté parametr
mongorestore --batchSize=10
kde se číslo liší v závislosti na povaze vašich údajů. Začněte s 1000.