mangoose stringify odstraňuje prázdné prvky

JSON.stringify normálně neodstraňuje prázdné objekty, takže toto je specifické pro mongoose.

Doporučuji vyzkoušet .toObject() nebo .toJSON()

https://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject

Ten bude volán během .stringify, takže to je pravděpodobně to, co vyřezává prázdné objekty.https://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON

Zkuste tedy nejprve toto:

JSON.stringify(obj.toObject());