Zdá se, že není možné přejmenovat pole v poli z příkazového řádku, jak je uvedeno v této otázce:
MongoDB přejmenovat pole databáze v poli
Tyto hodnoty je možné změnit přes RockMongo, jak navrhuje uživatelka Liad Livnat.
V mém konkrétním případě jsem také odstranil pole a změnil strukturu na:
{
"field1": "value 1",
"field2": {"subfield1": "value 2", "subfield2": "value 3"},
"field3": "value 4"
}
Dotazování na tento objekt pak bylo možné pomocí:
db.myCollection.find( {"field2.subfield2":"value 3"} );