Měl stejný problém vyřešen přidáním oprávnění ke spustitelnému souboru ostatním uživatelům na /home a až dolů k cestě db. například:
chmod -R o+x /<home>
nebo konkrétnější (všimněte si rekurzivního příznaku -R )
chmod o+x /<home>
chmod -R o+x /<home>/mongodb