Nakonec jsi v háji. Neexistuje žádný způsob (v mongodb) zaručit integrita dat v takovém scénáři, protože postrádá vztahy obecně a cizí klíče konkrétně. A nemá smysl vytvářet kontroly na úrovni aplikace. Bez ohledu na to, jak jsou propracované, stále mohou selhat (proto "bez záruky").
Takže je to buď vkládání (aby související data byla vždy přítomna přímo v dokumentu), nebo opuštění naděje na konzistentní data.