Našel jsem řešení problému. new UuidCodec(UuidRepresentation.STANDARD)
musí být na první pozici. Můj kód vypadá následovně:
private static final CodecRegistry CODEC_REGISTRY = CodecRegistries.fromProviders(
Arrays.asList(new UuidCodecProvider(UuidRepresentation.STANDARD),
new ValueCodecProvider(),
new BsonValueCodecProvider(),
new DBRefCodecProvider(),
new DBObjectCodecProvider(),
new DocumentCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new IterableCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new MapCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new GeoJsonCodecProvider(),
new GridFSFileCodecProvider(),
new Jsr310CodecProvider(),
new BsonCodecProvider()));
Toto chování není moc hezké a je to možná chyba. Doufám, že to některým z vás pomůže.