Něco takového bude stačit:
db.collection.aggregate([
{$project: {
male: {$cond: [{$eq: ["$gender", "male"]}, 1, 0]},
female: {$cond: [{$eq: ["$gender", "female"]}, 1, 0]},
}},
{$group: { _id: null, male: {$sum: "$male"},
female: {$sum: "$female"},
total: {$sum: 1},
}},
])
Produkce podle vašeho příkladu:
{ "_id" : null, "male" : 2, "female" : 3, "total" : 5 }
Hlavní myšlenkou je použít podmíněný výraz k mapování pohlaví na 0 nebo 1. Poté už potřebujete jen jednoduchý součet nad každým polem.