Domnívám se, že pole ts je ve skutečnosti Časové razítko pole, konzole se vám to jen snaží zjednodušit (což je velmi zavádějící). Dotaz můžete provést takto a mělo by to fungovat:
db.oplog.rs.find({ ts: Timestamp(1335200998000, 540)});
$gte a $lte můžete použít jako normálně:
db.oplog.rs.find({ ts: {$gte: Timestamp(1335100998000, 1)}});
db.oplog.rs.find({ ts: {$lte: Timestamp(1335900998000, 1)}});
Druhý argument je inkrementální pořadová číslo pro operace v rámci dané sekundy.