Aby bylo možné aktualizovat dokument, musí MongoDB načíst celý dokument z disku (pokud již není v mezipaměti), poté jej zmutovat v paměti a zapsat zpět na disk. Změny jsou také zapsány do oplog pro replikaci do sekundárních uzlů.
S rostoucí velikostí dokumentu to bude u každého dokumentu trvat déle, a protože každý dokument spotřebovává stále více místa v paměti, začne mizení mezipaměti také snižovat výkon pro nesouvisející dotazy.
Maximální velikost dokumentu v MongoDB je 16 MB. Pokud má tento dokument již po 10 minutách velikost 4 MB, bude nutné jej brzy rozdělit nebo odříznout.