Pokud oprava nefunguje, máte bohužel smůlu.
Předpokládám, že jste neměli povolené žurnálování ani žádné zálohy. Důrazně bych vám doporučil, abyste spouštěli s povoleným žurnálováním a řídili se jednou z popsaných strategií zálohování zde . Snapshot LVM se snadno implementuje, je poměrně rychlý a spolehlivý.
Je lepší spustit MongoDB také na 64bitovém systému. 32bitová verze vás omezuje na 2 GB dat . Říkáte, že vám „došel prostor“?