Pokud se podíváte do zdrojového kódu pymongo , zjistíte, že update funkce neobdrží žádný parametr o arrayFilters , takže musíte použít update_one , který by akceptoval volitelný parametr s názvem array_filters :
db.dept.update_one(
{"emps._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}},
{"$inc" : {"emps.$[idx].salary" : 20000}},
upsert=True,
array_filters=[{"idx._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}}]
)