Vzhledem k tomu, že vnořené dokumenty jsou v podstatě jen pole v hlavním dokumentu, všechny jejich aktualizace jsou také atomické.
MongoDB má transakce na dokument a to platí pro celý dokument, včetně jeho dílčích dokumentů.
Je třeba poznamenat, že nejen findAndModify je atomový. Jakákoli operace s jedním dokumentem, ať už je to update() nebo remove() je atomový.