TypeError:Nelze použít operátor 'in' k vyhledání '_id' v [{}]

je to proto, že vaše req.body obsahuje adresu:'{}', což je řetězec, nikoli pole a ne objekt, pokud napíšete

 var body={ name: 'santhu', address: []}; //and not { name: 'santhu', address: '{}'}
 var employee = new Employee(body);

bude to fungovat dobře