Když vytvoříte objekt pomocí modelu mongoose, vrátí vám modelový objekt namísto prostého javascriptového objektu. Když tedy delete session._id; nebude fungovat jako session je objekt modelu a neumožňuje přímou změnu vlastnosti objektu modelu.
Musíte změnit objekt modelu na prostý objekt JS pomocí toJSON() nebo toObject() metoda objektu modelu a vlastnost delete na tomto objektu:
tokens.create(req.body).then(function(session) {
var sessionObj = session.toJSON();
delete sessionObj._id;
return res.send(sessionObj);
});