Pokud spustíte mongoda jako uživatel xxx pak všechny adresáře a soubory, které potřebuje k použití, musí vlastnit uživatel xxx - ve vašem případě vidím několik souborů vlastněných root takže mongod nemůže s těmito soubory manipulovat.
Opravte oprávnění a ujistěte se, že nikdy nespouštíte mongod znovu jako root. Také, když dostanete chybu z mongod pohled do souboru protokolu vám přesně řekne, co způsobilo chybu. (Ve všech případech kromě případů, kdy do souboru nemůže zapisovat uživatel mongod běží jako).