Pardon, vyřešil jsem to sám.
Problém je v pořadí deklarování schémat.
Fungovalo to, kdybych zkusil tuto změnu.
/* first, children's schema */
var ChildSchema = new Schema({
name: String,
}, {_id: false});
/* seconds, parent's schema */
var UserSchema = new Schema({
name: String,
children: [ChildSchema],
});