Aktualizace indexovaného pole v mongodb způsobí aktualizaci indexu (nebo indexů, pokud jich máte více), které jej používají. Nepřeindexuje se. Nemělo by to být tak drahé - efektivně smažete starý záznam a vložíte nový.
Tento dokument obsahuje značné množství podrobností o indexech mongodb:
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
BTW, mějte na paměti, že existuje jedno speciální pole, _id, které mongodb používá jako svůj primární klíč
Pole _id nelze aktualizovat.