Nemusíte tolik utíkat. Můžete použít jednoduché uvozovky mimo dotaz a dvojité uvozovky uvnitř, tj. Dejte si ale pozor, abyste měli typ hex, což znamená "03" a ne "3"
mongodump --host localhost --db test --collection bd --query
'{"_id" : { "$binary" : "ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==", "$type" : "03" } }'