Za prvé, věřím, že to můžete změnit (odstraňte další požadavek http a nastavte io na naslouchání serveru):
// Init App
var app = express();
var server = require("http").Server(app);
var io = require("socket.io").listen(server);
Pokud vaše klientská strana běží na jiném portu než váš server, myslím, že byste měli změnit také import. Jinak by ten kousek mohl být v pořádku. Nemyslím si, že potřebujete .connect na io ve var socket =io.connect(); Můj funguje i bez něj.
<script src='http://localhost:3000/socket.io/socket.io.js'></script>