console.log nezobrazuje očekávané vlastnosti objektu

Pravděpodobně máte Objekt dokumentu místo obyčejného předmětu. Ty mají vlastní toJSON metoda což poskytuje pouze vlastnosti vašeho schématu a _id , ale nic jiného. Pokud kopírujete tuto metodu s vaším for-in-loop na appointment objekt, bude při přihlášení také jinak serializován.

Zkuste

for (var key in appointmentsDB[i].toObject()) {
    appointment[key] = appointmentsDB[i][key];    
}

appointment.test= "res";

console.log(appointment);