Záleží na tom, jaké aktualizace provádíte. Pokud tyto aktualizace rozšíří váš dokument (array push nebo podobně), pak ano, budete mít určitou fragmentaci. Aktualizace na místě ($inc) nezpůsobí přesun dokumentu (žádná fragmentace).
Mimochodem, není to roztříštěnost sama o sobě, ale spíše nějaký promarněný prostor. To znamená, že pokud je dokument přesunut do nového umístění, jeho staré umístění nebude znovu použito.