Krátká odpověď na vaši otázku je; ty ne. Jedinou dostupnou možností je uložit každý jedinečný pár jako jeden prvek pole. Takže spíše než :
{a:[1,2], b:[8,9]}
ukládáte
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Je zřejmé, že to má několik nevýhod, takže opravdu záleží na vašem konkrétním případu použití, zda je to vhodné řešení. Souhlasím však s tím, že mongo by nemělo odmítat více indexů pole jen pro idiotskou kontrolu. Je to dobrá funkce pro pole s malou/nízkou mohutností.