Zkuste toto, fungovalo to pro mě:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$id": ObjectID("4e2d48ab580fd602eb000004")})
Můžete také načíst všechny prvky, které mají odkaz na kolekci:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$ref": "somecollection"})