Když vás zajímá celý objekt, je to jednoduché find :
.find({"facebook.id":"<id>", "images.id":<image-id>})
Nemyslím si, že existuje způsob, jak ve výsledku zmenšit pole obrázků.
Chcete-li aktualizovat jeden prvek v poli obrázků, můžete použít toto:
.update({"facebook.id":"<id>", "images.id":<image-id>}, {$set : {"images.$.main" :false} } );