Používáte nesprávného operátora aktualizace. Co potřebujete, je $set
operátor aktualizace a poziční $
operátor aktualizace.
db.collection.update_one(
{'class.className': 'cse131'},
{'$set': {'class.$.time': '3:30'}} # or {'class.$.status': 'pass'}
)