Nejsem si jistý, zda to chcete pomocí skriptů MongoDB nebo jazyka vaší aplikace (Nodejs, pokud se mýlím)
Takto to funguje na Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Pokud to není to, co chcete, aktualizujte prosím svůj příspěvek a přidejte jazyk/rámec, který používáte