V případě, že někdo jiný čelí této chybě. Je to problém s pyenv. I po
sudo apt-get install python3-gdbm
knihovna bude nainstalována v systému, ale ne v pyenv. Takže řešení popsané zde:
GDBM nefunguje s Pythonem 3.6 a anakondou
Postup bude stejný pro pyenv.