Skoro jste to pochopili, stačí zaškrtnout políčko "Vložit názvy sloupců do prvního řádku" a poté spustit export. To by mělo fungovat.
UPRAVIT::
Protože to děláte sami, můžete získat názvy polí pomocí tohoto MYSQL dotazu:
SELECT `COLUMN_NAME`
FROM `INFORMATION_SCHEMA`.`COLUMNS`
WHERE `TABLE_SCHEMA`='yourdatabasename'
AND `TABLE_NAME`='yourtablename';