To nemá nic společného s Kohanou. Doporučil bych, abyste to nedělali přes PHP, protože pak máte paměť a časová omezení. Pokud můžete, použijte terminál.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Nahrazení [value] s jejich příslušnými hodnotami.