Zdá se, že máte překlep v mariadb definice služby:
ports:
- 3300:3306
Mapování portů jste nakonfigurovali tak, aby byl kontejner dosažitelný na 3300 ale tyto informace jste PHPMyadminovi nepředali. V důsledku toho vyprší časový limit pokusu o připojení.
Poznámka:port pro databázi nemusíte vůbec vystavovat - ostatní kontejnery s ním budou komunikovat pomocí virtuální sítě Docker a pro místní přístup můžete použít docker container -it exec <container-id> mysql... nebo docker-compose exec db mysql...